A bandeira tem um significado republicano e nacionalista. A comissão encarregada da sua criação explica a inclusão do verde por ser a cor da esperança e por estar ligada à revolta republicana de 31 de Janeiro de 1891. Segundo a mesma comissão, o vermelho é a cor combativa, quente, viril, por excelência. É a cor da conquista e do riso. Uma cor cantante, ardente, alegre (...). Lembra o sangue e incita à vitória. Durante o Estado Novo, foi difundida a ideia de que o verde representava as florestas de Portugal e de que o vermelho representava o sangue dos que tinham morrido pela independência da Nação. As cores da bandeira podem, contudo, ser interpretadas de maneiras diferentes, ao gosto de cada um.
No seu centro, acha-se o escudo de armas portuguesas (que se manteve tal como era na monarquia), sobreposto a uma esfera armilar, que veio substituir a coroa da velha bandeira monárquica e que representa o Império Colonial Português e as descobertas feitas por Portugal.
Os cinco pontos brancos representados nos cinco escudos no centro da bandeira fazem referência a uma lenda relacionada com o primeiro rei de Portugal. A história diz que antes da Batalha de Ourique (26 de Julho de 1139), D. Afonso Henriques rezava pela protecção dos portugueses quando teve uma visão de Jesus na cruz. D. Afonso Henriques ganhou a batalha e, em sinal de gratidão, incorporou o estigma na bandeira de seu pai, que era uma cruz azul em campo branco.
Outra explicação aponta ainda para o uso da bandeira em escudos; a cruz azul teria pintados (ou incorporados) pregos brancos para a segurar ou pinturas brancas, podendo já aludir às chagas de Cristo. Esta decoração nos escudos sofreria danos com as batalhas e com o tempo, deixando apenas o azul envolto com os pregos ou pinturas de branco, dando a ilusão dos actuais escudos azuis com as (actualmente) 5 quinas em cada um.
Há ainda a referência que, segundo a lenda, o número das quinas (5) e dos besantes (25) estão relacionados com os 30 dinheiros que Judas terá recebido pela traição a Jesus Cristo.[1]
Tradicionalmente, os sete castelos representam as vitórias dos portugueses sobre os seus inimigos e simbolizam também o Reino do Algarve. No entanto, a verdade é que os castelos foram introduzidos nas armas de Portugal pela subida ao trono de Afonso III de Portugal. Este rei português não podia usar as armas do irmão, D. Sancho II, sem diferença por não ser filho primogénito de D. Afonso II. Adoptou assim as armas de sua mãe que era castelhana, sendo que a bandeira de Castela, à data, era composta por um fundo vermelho e três filas e três colunas de castelos dourados. Há quem considere que, com a subida ao trono de D. Afonso III, e já na qualidade de rei, este deveria ter abandonado as suas armas pessoais e usado as do pai e do irmão.
