Aqui você pode criar um ISO, uma imagem de CD bootável. Bastará gravar em CD, instalar e usar seu Windows personalizado! Rotule o CD como quiser, no campo "Nome do ISO". Evite usar muitos caracteres. Se você quiser, antes de clicar em "Criar ISO", adicione arquivos ou pastas à pasta onde você mandou copiar os arquivos do Windows para o HD. Eles ficarão no CD, como se tivessem sido gravados nativamente (por meios parecidos os "piratas" adicionam arquivos de texto com o número serial, sem perder o boot do CD). Clique em "Criar ISO", escolha onde salvar na janela "Salvar como" e pronto. Espere mais um pouquinho, e estará pronta a imagem de CD. Se você quiser, pode gravar a pasta dos arquivos diretamente, mas aí o CD não será bootável. Se quiser testar diretamente, pode instalar o Windows personalizado executando o instalador diretamente da pasta, sem nem precisar gravar num CD (desde que você instale em outra partição ou pasta, sem formatar o HD, claro).
Dica especial: você tem um CD do Windows que não dá boot, porque foi copiado de forma incorreta? Abra o nLite e marque apenas a opção "Criar uma imagem ISO auto executável". O processo será bem mais rápido, e no final você tem um ISO bootável, que poderá ser gravado num novo CD. Para evitar perder o boot de CDs ou DVDs bootáveis (qualquer um), sempre copie usando o comando "Copiar disco" no seu programa de gravação, e não copiando os arquivos para uma pasta usando um gerenciador de arquivos, seja o Windows Explorer ou o Konqueror.
Aplicando modificações legais para mim no Windows XP Service Pack 2, consegui remover 180 MB do CD do Windows, além de remover as pastas "VALUEADD" e "SUPPORT" no final. Esse Windows XP SP2 foi instalado em 45 minutos certinhos no meu PC, antes ele instalava em uma hora e meia mais ou menos (só para constar e comparar: nesse mesmo PC, o Windows 98/Me instala em meia hora certinha, o NT Server 4.0 em cerca de 15 minutos, o 2000 Prof. em 40 minutos, o XP Home SP1 em 50 minutos, o XP Prof. SP1 em 1 hora, o Server 2003 em 1 hora e meia, e o Kurumin Linux em menos de 20 minutos (depois de iniciado do CD). Uma instalação do Windows 2000 modificada (nem tão otimizada assim, mas com o SFC desativado) chegou a levar 28 minutos, enquanto que com o CD original leva 40. Meu PC? Caia de costas se quiser, é um bom e velho Pentium II 266 MHz, com 160 MB de RAM e HD de 10 GB.
Antes de finalizar... É bom não deixar a ilusão, no entanto, de que o Windows será "muito" mais leve que o original. Ele terá menos processos residentes, menos frescuras, sim, dependendo dos componentes removidos. Mas o modo como o sistema trabalha, as funções do kernel e das APIs, etc, não mudam em nada. Só é possível usar softwares como o nLite porque o próprio Windows é modular, dividido em "pacotes". A diferença entre o Windows e o Linux nesse ponto é que, estes pacotes são empacotados e embutidos no sistema por uma única empresa (sua software-house, Microsoft), de forma fechada e praticamente não documentada.
Algumas coisas - pelo menos por enquanto - o nLite não faz, como trocar o papel de parede padrão (talvez até para evitar o uso comercial, por vendedores de hardware que tentam distribuir o Windows de forma ilegal, um "falso OEM"). Mas é um software muito bom. Até no preço (freeware)!
Boa sorte, com seu Windows mais leve, pré-configurado e personalizado!