Relativamente ao peixe capturado, as principais espécies com interesse comercial no Baixo Guadiana parecem não ter variado ao longo dos tempos. Entre estas encontram-se espécies migratórias como a enguia (ou eiró), a lampreia, o sável e a saboga (ou savelha) e ainda outras como as tainhas (muge), as bogas e os barbos. A estas espécies juntam-se outras, essencialmente marinhas que, em determinadas épocas do ano, sobem o rio com a maré como são os casos da corvina e do robalo. Na foz, pescam-se actualmente o linguado e o charroco, para além de se capturarem alguns moluscos bivalves (conquilha, berbigão e ameijoas). O esturjão (solho-rei), espécie migratória agora inexistente no rio, foi também, um importante recurso pesqueiro do rio.
peixes de água doce
Nome comum Nome científico Importância
comercial Endemismos
Saramugo Anaecypris hispanica
Peixe-rei Atherina presbyther
Cumba, Picão Barbus comiza
Barbo, Barbo-de-cabeça-pequena Barbus microcephalus
Barbo, Barbo do Sul Barbus sclateri
Barbo, Barbo de Steindachner Barbus steindachneri
Tainha-liça Chelon labrosus
Boga-de-boca-arqueada Chondrostoma lemmingii
Boga do Guadiana, Boga do Sul Chondrostoma willkommii
Verdemã Cobitis paludica
Esgana-gata Gasterosteus aculeatus
Bordalo Leuciscus alburnoides
Escalo do Sul Leuciscus pyrenaicus
Tainha-garrento Liza aurata
Tainha-fataça Liza ramada
Tainha-olhalvo Mugil cephalus
Caboz-de-água-doce, Caboz Salaria fluviatilis
migradores diádromos
Nome comum Nome científico Importância
comercial
Enguia, Eiró (fase adulta) Anguilla anguilla
Solho, Esturjão, Solho-rei Acipenser sturio
Sável Alosa alosa
Saboga, Savelha Alosa fallax
Lampreia, Lampreia-marinha Petromyzon marinus
peixes de água doce (introduzidos)
Nome comum Nome científico Importância
comercial
Peixe-vermelho Carassius auratus
Chanchito Cichlasoma facetum
Carpa Cyprinus carpio
Lúcio Esox lucius
Fundulo Fundulus heteroclitus
Gambúsia Gambusia holbrooki
Perca-sol, Peixe-sol Lepomis gibbosus
Achigã Micropterus salmoides
alguns peixes marinhos pescados no Guadiana
Nome comum Nome científico Importância
comercial
Robalo Dicentrarchus labrax
Corvina Argyrosomus regius
Charroco Halobatrachus didactylus
Linguados Solea spp.